Setiap mahasiswa wajib membayar biaya pendidikan sesuai dengan ketentuan yang berlaku. Biaya-biaya tersebut dibagi berdasarkan jenis subprogram Penerimaan Mahasiswa Baru (PMB). Pembiayaan biaya pendidikan masing-masing subprogram (Regular Subsidi, Regular Swadana dan Kelanjutan Studi) berbeda-beda, berdasarkan program studinya dan diatur melalui peraturan rector/surat edaran Wakil Rektor II UNY. Biaya pendidikan ini ditetapkan untuk tiap tahun akademik dan ketetapan ini dikeluarkan/diumumkan pada saat sebelum tahun akademik yang bersangkutan dimulai. Pembayaran dilakukan melalui bank yang ditunjuk oleh pihak UNY dan sesuai dengan rekening Rektor UNY di masing-masing fakultas.
Bagi mahasiswa yang tidak/kurang mampu membayar sebagian atau keseluruhan biaya pendidikan dapat mengajukan surat permohonan keringanan pembiayaan pendidikan kepada Rektor/Wakil rektor II melalui blangko yang telah disiapkan unieversitas, dimana mahasiswa wajib menyertakan bukti-bukti serta alasan-alasan yang sah dan dapat diterima untuk memperkuat permohonannya. Pengajuan surat permohonan keringanan tersebut dapat dilakukan sebelum melaksanakan pembayaran semester.
